Die Präsenzphasen erweitern die personale, sozial-kommunikative und spirituelle Kompetenz der Teilnehmer/-innen. Sie dienen der Reflexion des eigenen Selbstverständnisses und der eigenen Spiritualität vor den Ansprüchen des Schullebens und den Anforderungen aus dem Praxisfeld Schulpastoral. Die Präsenzphasen sind daher einem prozess- und personenorientierten Lernansatz verpflichtet. Grundlegend ist dabei die Annahme, dass im Praxisfeld Schulpastoral die Mitarbeiter/-innen selbst die "beste Intervention" sind – zumal dann, wenn sich die Schulpastoral diakonisch versteht und diesen Dienst der Kirche in der Schule in Form des "personalen Angebots" realisiert.

Da zu den zentralen Arbeitsformen der Schulpastoral die Arbeit mit Gruppen und die Begleitung einzelner Schülerinnen und Schüler bzw. Lehrerinnen und Lehrer zählt, ist eine Vertiefung des durch die StE erworbenen Wissens durch eine personenorientierte Arbeit in einer Lerngruppe angezeigt. Den Beziehungen unter den Teilnehmerinnen und Teilnehmern der Lerngruppe, den Gruppenprozessen mit ihren Konflikten und Entwicklungschancen kommt eine wichtige Bedeutung zu: Das Lernen wird prozessorientiert gestaltet und eröffnet so die Möglichkeit, auf der Folie der gemachten Erfahrungen und ihrer Reflexion Handlungsorientierungen für die Praxis der Schulpastoral zu gewinnen. Durchgängige Lernperspektive ist die Gestaltung der Kommunikation, das Rollenhandeln in Gruppen sowie die Selbst- und Fremdwahrnehmung. Das ermöglicht die Wahrnehmung der eigenen Person sowohl im Kursgeschehen als auch im schulpastoralen Handlungsfeld und die Weiterentwicklung der personalen Kompetenz. Um ein solches Lernen zu ermöglichen, ist eine über die gesamte Weiterbildungszeit konstante Kursgruppe notwendig.